幼少期にアトロフィクシス（AF）と呼ばれるヒトの変異体となり、人権と寿命の半分を失った主人公クラノス。やがて職を求めて連邦国東方面軍のＡＦ重機歩兵操縦士となり、次元のはざまでの過酷な戦闘に明け暮れるようになる。

ヒトと差別され、使い捨ての兵士として戦争の後始末に奔走する日々。そこがどんな地獄であろうと、同じ境遇の者たちの集う場所に、クラノスは骨を埋める覚悟を決める。

しかし彼が率いる事になった「ユニットE81」は、彼の想像以上に自由人のるつぼとなっていく。はたしてクラノスは指揮官として人として成長していけるのだろうか…。